5A病棟は小児科、小児外科を担当しており、新生児から思春期に至るまであらゆる年齢の子どもたちが入院の対象です。
血液・悪性腫瘍、神経、心臓、代謝内分泌、腎臓、アレルギー、感染症などの各領域の治療だけでなく、心臓カテーテル検査、腎生検、内分泌疾患の負荷試験など、検査や外科手術のための入院も行っています。病棟にはプレイルームや院内学級があり、入院生活の中でも子どもたちの成長が妨げられないように工夫をしています。小児病棟を入院施設というイメージではなく、「瀬田の森®」と考え、子どもたちが森の中で遊んだり、発見したり、考えたり、楽しめるようにとの想いからできあがった場所です。また、壁に可愛い絵をたくさん飾り、夏祭りやクリスマス会など楽しいイベントを企画するなどして、子どもたちの笑顔を引き出しています。